Начиная с 1993 года Сретенско-Преображенское братство пережило несколько «волн» гонений. Братство восстанавливало храмы, а их у него отбирали один за другим. В них назначали настоятелей, до такой степени настроенных против братской и общинной жизни в церкви, что они могли проповедовать с амвона, например, так: «разойдитесь друг от друга и спасайтесь поодиночке», отлучать прихожан от причас­тия без причин, клеветать на братство и даже прибегать к откровенному рукоприкладству. Братство продолжало заниматься катехизацией — в клеветнических изданиях и на «на­учных» конференциях естественное рождение общин из групп лю­дей, проходивших вместе годичную катехизацию и потом не хо­тевших «расходиться по домам», пытались представить как «создание парал­лельной структуры» в церкви. Апогеем преследований стал вре­менный запрет в священнослужении духовного попечителя брат­ства свящ. Георгия Кочеткова и отлучение от причастия двенадцати наиболее активных членов братства и прихода храма Успения Богородицы в Печатниках по откровенно клеветническому обвинению. После снятия прещений в 2000 г. была сделана безуспешная попытка доказать, что в тру­дах о. Георгия содержатся ереси.

Со стороны казалось, что такие удары (особенно от «своих») не способно вы­держать никакое содружество даже очень преданных своему призванию верующих людей. Но братство выдержало — оно не шло на неоправданные компромиссы, веря во Христа и Его Церковь. Несмотря на искушения, несмот­ря на потери, оно все эти годы продолжало жить и разви­ваться. Постепенно Преображенское братство стало Содружеством малых братств.

В церкви постепенно растет интерес к жизни братства, к его опыту, особенно там, где люди сами пытаются возродить общин­ную жизнь, вести серьезную катехизацию перед крещением или первым причащением, стре­мятся к полному и сознательному участию прихожан в богослуже­нии. Сейчас этот интерес присутствует в жизни православной церкви не только в России, но и за рубежом, и это помогает преодолевать все искажения и страхи. Братство, как и раньше, всем может ответить: приди­те и сами посмотрите. Мы ничего не скрываем, потому что наш дом ­ — Церковь, у нас не было раньше, и нет сейчас от нее никаких тайн. Мы честно стремимся исполнить заповедь Господа Иисуса Христа о любви к друзьям и врагам. И еще — к тем, кто пока не знает ни Бога, ни Церкви, но волей Божьей оказался рядом с нами.